昭和54年国際児童年の記念事業において、母子保健に関する医療指導、研修等を提供する施設として、当時の厚生省の指導の下に愛育病院を含む総合母子保健センターが設置されました。

母子愛育会は、昭和8年12月23日の上皇陛下御誕生を機に昭和天皇から伝達された御沙汰書をもとに、昭和9年3月13日、創立されました。

創立当時の我が国は、経済不況に加え社会情勢が悪化し、厚生省（現：厚生労働省）や保健所も設置されていない状況下で、子どもや母親の保健はほとんど顧みられない状態にありました。愛育会は、設立の使命を果たすため、社会の実情に即した科学的な研究を行い、その成果を実際に応用するために各界の権威者を委嘱して、昭和9年5月愛育調査会を設置しました。

愛育調査会の事業を発展させ、児童及び母性の養護、教育に関する総合的研究を行うため、昭和13年11月「愛育研究所」を開設、翌12月臨床部門として「愛育医院」（小児科部門）を開院しました。愛育医院はさらに昭和15年12月産科部門を設置し、昭和24年医療法の規定により「愛育病院」と改称しました。また愛育研究所は厚生省から研究業務の一部の委託を受けることになり、昭和39年9月、日本総合愛育研究所と改称しました。

また愛育調査会による調査の結果、我が国の乳児死亡率が非常に高く、ことに農村漁村に著しいことが判明しました。その低下を図る対策として、村ぐるみで根本的に取り組むという考えで｢愛育村｣事業を考案しました。その基礎的な単位組織が｢愛育班」です。愛育班は、班員の家庭訪問・話し合いと・学習を中心とする活動によって、地域保健の推進に多大の貢献をしました。現在もその愛育班活動は各地で受け継がれています。

母子愛育会は戦前・戦中・戦後にわたり、時代が生み出す母子保健・福祉の課題に取り組み続け、現在に至っています。

総合母子保健センター

愛育研究所

小児及び母性保健研究部、周産期医療研究部、児童福祉・精神保健研究部、愛育相談所等からなる研究部門です。
愛育相談所では社会福祉法に基づく「児童及び家庭の福祉の増進について相談に応ずる事業」を行っています。

愛育病院

愛育病院は平成27年2月、港区芝浦に新病院を建設、移転いたしました。
診療科は、産婦人科・新生児科・小児科・小児外科・皮膚科・内科・麻酔科並びに健診部です。東京都の総合周産期母子医療センターとしてお産の安全性とハイリスク妊娠へのケアを一層向上させるため、設備・スタッフ両面の充実を図っています。

社会福祉法、児童福祉法に基づき、助産施設、無料又は低額での診療や無料講演会等も行っています。

愛育クリニック

平成27年2月、旧・愛育病院が愛育クリニックとして生まれ変わりました。
新しい愛育病院との連携のもと、産婦人科、小児科、母子保健科、小児精神保健科が診療を行っています。

研修部

母子保健・福祉領域の現任教育機関として、保健師、助産師、看護師、栄養士、保育士等の専門家を対象とした研修事業を行っています。

特殊ミルク事務局

先天性代謝異常症の治療に必要な「特殊ミルク」の安定供給事業を行うほか、治療経過の調査による品質の改良と開発を推進しています。また、先天性代謝異常症の臨床的治療研究を行うほか、広報誌『特殊ミルク情報』を年1回発行しています。

教養施設

愛育幼稚園

3歳以上の幼児の3年保育を行っています。（6クラス・定員150名）

ナーサリールーム

二つのセクションが保育と育児支援を行っています。

(1)東京都認証保育所
対象：0・1・2歳児
　定員：35名

(2)あいいく病児保育室（港区委託事業）
　対象：生後6か月～就学前の港区の認可保育園・認証保育所等に通園している児
　定員：1日4名

愛育推進部

地域住民の健康づくりを目的とした愛育班活動の育成指導、研修事業等を行っています。毎年4月には本会総裁ご臨席のもと「愛育班員全国大会」を開催し、愛育班活動功労者の表彰、班員から公募した手記の発表、｢模範愛育班」の指定等を行っています。

その他

母子保健に関する知識の普及と向上に資するため、出版事業等も行っています。